skylines,
Você não pode juntar um repack com o outro porque muitas vezes a estrutura é de um commit diferente,
O mais correto a se fazer é extrair todo conteúdo em querys, atualizar as querys e então adicionar em um novo repack.
Esse problema no Server Manager vai ser arrumado na próxima versão
.
Sobre o Apache, não precisa adicionar nada na pasta, é só instalar esses packages :
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belon,
Navegue até a pasta C:/Server/Server/www,
Delete o arquivo [Mthsena's Home.url] e extraia seu site para a mesma pasta.
Lembrando que o repack vai sem site.
Sobre o world, verifique os arquivos 'data' na pasta C:/Server/Core/data,
Dentro da pasta precisa estar Dbc, Maps, Mmaps e Vmaps extraídos.